در حال حاضر نهادهای متعددی پروتکلهایی را در رابطه با ترانزیت وضع کردهاند که عمده آنها مبتنی برمتوقف کردن، گشودن محموله و بازبینی کالاست. به طور دقیقتر اغلب دستورالعملهای مربوط به واردات و صادرات کالا در بنادر و پایانههای زمینی در مورد محمولههای عبوری یا ترانزیت نیز اعمال میشود، این در حالی است که کالای ترانزیتی یک کالای گذری بوده و لزومی در اعمال قوانین صادرات و واردات ایران در آن وجود ندارد بلکه اتخاذ این رویهها از سوی نهادهای مختلف باعث شده تا ایران از نظر زمان عبور کالا کمترین مزیت را نسبت به رقبا داشته باشد و این باعث شده است که محموله ترانزیتی از بسیاری از کشورها در کمتر از ۲۴ یا ۴۸ ساعت عبور میکند، اما کالای گذری در ایران ممکن است بین چند روز تا چند هفته در هزارتوی فرآیندهای اداری و بازرسی معطل شود.
تعدد ارگانهای تصمیمگیر در ترانزیت
تعدد قوانین و ارگانهای تصمیمگیرنده، یکی از اصلیترین موانع ترانزیت محسوب میشود و متولی واحدی برای موضوع ترانزیت وجود ندارد. زمانی که ارگانهای تصمیمگیرنده ( ورود 14 نهاد و سازمان) متعدد باشد به تبع آن قوانین دست و پاگیر نیز زیادتر شده و دود آن به چشم بخش ترانزیت میرود.
کمبود زیرساختهای مناسب
در مرزهای خروجی با صفهای طولانی مواجه هستیم زیرا زیرساخت لازم ( سخت افزاری ، نرم افزاری ) به میزان کافی وجود ندارد.
فرسودگی و کمبود ناوگان
ناوگان حمل جادهای فرسوده بوده و برای رفع آن، دولت می بایست طرح نوسازی نوگان در قالب واردات کامیون پیگیری نماید.
البته درهمآشفتگی نهادی و فقدان متولی ترانزیتی در کشورو در مناطق آزاد کشور ، نیز مزید علت شده است.
نیاز به یک سازمان یکپارچه را بیشازپیش موردنیاز میکند تا علاوه بر قابل پیشبینی کردن روند قانونی و جلوگیری از اعمال سلایق، قوانین بدون فایده و گاهی منسوخ را از دایره فضای ترانزیتی کشور دور کند. علاوه بر آن، ایجاد مشوقهای ترانزیتی نظیر کریدورهای سبز گمرکی در مسیرهای کم ریسک موجب تسهیل عبور سریع کالاهای کمریسک از کشور میشود.ایران بهعنوان اولین اقدام در حوزه تسهیل ترانزیت و افزایش جریانهای عبوری از کشور میتواند اقدام به تعریف رویههای دوجانبه گمرکی با مشتریان اصلی بالقوه ترانزیت کشور کند. در این رویه درصورت ارسال تاییدیه توسط گمرک مبدا برای گمرک ایران، گمرک داخلى بار عبوری دارای تاییدیه را از کلیه تشریفات مرزی معاف کرده و محموله در مدت زمان بسیار کمتری از خاک کشور عبور میکند.همچنین در شرایطی که اکثریت قریب به اتفاق کالاها در پایانههای مرزی معطل ارزیابی و بروکراسیهای طولانیمدت میشوند، نیاز است تا خطوط جداگانهای جهت ترانزیت کالا در پایانهها تعریف شود. این راهکار در کوتاهمدت میتواند موجب بهبود ترانزیت کشور شود.از سویی دیگر و در وضعیت کنونی برای تمامی کالاهای ورودی و خروجی اعم از واردات، صادراتی و ترانزیتی، جایگاهها و نیروی انسانی تقریبا یکسانی تعریف شده و این موضوع مزیت زمانی را که یکی از اصلیترین عوامل رونق ترانزیت است را تحتالشعاع قرار میدهد.درحالحاضر بنادر ایران برخلاف سایر بنادر جهان از حمل یکسره برخوردار نیستند. این معضل باعث شده تا کالای ترانزیتی بهطور میانگین بین 2 تا 4 روز در بندر معطل مانده و سپس وارد مراحل گمرک شود و در این راستا لازم است تا حمل یکسره بندری (لااقل برای محمولههای ترانزیتی) راهاندازی شود.